ฟักทองทอดสุญญากาศอายุการเก็บรักษาอาจแตกต่างกันไปขึ้นอยู่กับองค์ประกอบหลายประการ เช่น บรรจุภัณฑ์ สภาพการเก็บรักษา และสารกันบูดเพิ่มเติมใดๆ เนื่องจากมีความชื้นต่ำและบรรจุภัณฑ์สุญญากาศ ฟักทองทอดสุญญากาศจึงมีอายุการเก็บรักษานานกว่าขนมอื่นๆ เมื่อเก็บไว้ในที่เย็นและแห้ง ห่างจากแหล่งความชื้นและความร้อน สามารถเก็บความสดได้นานหลายเดือนถึงหนึ่งปี ควรคำนึงถึง "ควรบริโภคก่อน" หรือวันหมดอายุบนฉลากเสมอ เนื่องจากยี่ห้อและสินค้าที่แตกต่างกันอาจมีอายุการเก็บรักษาที่แตกต่างกัน เพื่อรักษาความสด การเก็บรักษาอย่างเหมาะสมก็มีความสำคัญเช่นกัน
