ในขณะที่การแช่แข็ง - ผักและผลไม้อบแห้งมีประโยชน์มากมายในแง่ของการรักษาพื้นผิวรสชาติและคุณค่าทางโภชนาการ แต่ก็มีข้อเสียที่สำคัญ ค่าใช้จ่ายเริ่มต้นและความซับซ้อนของอุปกรณ์ที่จำเป็นเป็นหนึ่งในอุปสรรคสำคัญ เครื่องอบแห้งแบบแช่แข็งต้องใช้การลงทุนครั้งแรกอย่างมีนัยสำคัญเนื่องจากค่าใช้จ่ายในการจัดหาและบำรุงรักษาสูง นอกจากนี้ความต้องการพลังงานของอุปกรณ์เหล่านี้สามารถเพิ่มต้นทุนการผลิตและส่งผลเสียต่อผลกำไรโดยรวมของการดำเนินการอบแห้งแช่แข็ง
ธรรมชาติที่ละเอียดอ่อนของกระบวนการอบแห้งการแช่แข็งเองนำเสนอปัญหาอีกอย่างหนึ่ง ผักและผลไม้ถูกแช่แข็งอย่างระมัดระวังและปริมาณน้ำจะถูกทำให้อ่อนลงภายใต้ความดันต่ำ เพื่อรับประกันความสามารถของผลิตภัณฑ์สำเร็จรูปกระบวนการที่แน่นอนนี้จำเป็นต้องมีการควบคุมความดันและอุณหภูมิอย่างรอบคอบ การออกจากสถานการณ์ในอุดมคติใด ๆ อาจนำไปสู่การสูญเสียเนื้อหาโภชนาการรสชาติหรือพื้นผิว นอกจากนี้อาจใช้เวลาหลายชั่วโมงในการทำขั้นตอนซึ่งอาจ จำกัด กำลังการผลิตของโรงงานผลิต
อีกประเด็นสำคัญในการแช่แข็งผักและผลไม้คือรักษาความสมบูรณ์ของโครงสร้าง เมื่อน้ำถูกลบออกจากรายการผลิตบางรายการพวกเขาอาจมีความเสี่ยงต่อความเสียหายหรือการล่มสลายของโครงสร้าง เพื่อให้แน่ใจว่าผลิตผลสามารถอยู่รอดได้ในกระบวนการอบแห้ง -} โดยไม่สูญเสียคุณลักษณะที่ต้องการการเลือกที่เข้มงวดและการรักษาล่วงหน้า - เป็นสิ่งจำเป็น ตัวอย่างเช่นเพื่อรักษาสีและพื้นผิวของพวกเขาเมื่ออบแห้งผักและผลไม้บางชนิดอาจจำเป็นต้องได้รับการลวกหรือได้รับการรักษาด้วยสารต้านอนุมูลอิสระ
หากขั้นตอนการอบแห้งแบบแช่แข็งไม่ได้ดำเนินการในบรรยากาศที่ผ่านการฆ่าเชื้อก็มีความเสี่ยงต่อการปนเปื้อนทางจุลชีววิทยา แม้ว่าความเสี่ยงของการเจริญเติบโตของจุลินทรีย์จะลดลงอย่างมากโดยการกำจัดน้ำ แต่มลพิษที่มีอยู่ในช่วงเริ่มต้นของกระบวนการอาจยังคงเป็นอันตราย ดังนั้นการสร้างการแช่แข็งที่ปลอดภัยและเหนือกว่า - ผลิตภัณฑ์แห้งต้องรักษาบรรยากาศที่สะอาดและควบคุมได้
